WikiSort.ru - Не сортированное

ПОИСК ПО САЙТУ | о проекте

Архейный фактор транскрипции B (ATFB или TFB) является одним из нескольких внешних транскрипционных факторов, которые управляют инициацией транскрипции РНК в организмах архей.[1] Он гомологичен эукариотическому TFIIB[en] и, более отдаленно, бактериальному сигма-фактору.[2] Как и эти белки, он участвует в формировании преинициативных транскрипционных комплексов.[3] Его структура включает в себя несколько консервативных мотивов, которые взаимодействуют с ДНК и другими факторами транскрипции, особенно с одним типом РНК-полимеразы, которая выполняет транскрипцию у архей.[1]

История

Поскольку транскрипция является процессом, необходимым для выживания и пролиферации клеток, было проведено много исследований вовлеченных белков. У бактерий и эукариот белки TFIIB и сигма-фактор участвуют в инициации транскрипции, где они способствуют образованию преинициаторного комплекса и специфическому связыванию РНК-полимеразы с ДНК. Архейным аналогом этих двух белков является TFB, который был впервые идентифицирован у вида Pyrococcus woesei в 1992 году.[4][5] С тех пор исследования показали, что архейные виды должны содержать по крайней мере одну копию TFB, хотя некоторые виды могут иметь несколько изоформ в своем геноме.[6]

Состав

TFB представляет собой один полипептид, длиной около 280-300 аминокислот и массой 34 кДа [3], который необходим для начала транскрипции РНК-полимеразой (RNAP) и он также может влиять на структуру транскрипционного комплекса во время изменений которые происходят до транскрипции, хотя конкретные механизмы неизвестны. Структура TFB состоит из амино-концевой области (TFBN) с консервативными последовательностями и сложными структурами, связанными с большей глобулярной карбоксильной концевой областью (TFBC).[1] В то время как N-концевой домен опосредует взаимодействия RNAP, С-концевой домен опосредует взаимодействия с комплексом, образованным из TATA-бокса и TBP, последовательности ДНК и полипептида, участвующих в инициации трансляции.[7] Степень сохранения последовательности TFB по всей архее колеблется от 50% до 60%. [3] Что касается его эукариотического эквивалента, TFB демонстрирует «высокий уровень структурной и функциональной консервации».[1] Взаимодействие между TBP и последовательностью выше от TATA-бокса регулирует полярность транскрипции, «дает комплекс преинициации археи» и ориентирует комплекс. в направлении, в котором должен транскрибироваться целевой ген.[8]

TFBN составляет приблизительно одну треть белка и содержит как мотив B-пальца (гомологичный B-пальцу TFIIB), так и мотив цинкового пальца,[9] последний из которых расположен в аминокислотах 2-34.[10] Размер N-концевого домена варьируется от 100 до 120 аминокислот в длину.[3] Эксперименты по сшиванию показали, что этот домен расположен близко к стартовому сайту транскрипции. Цинковый палец взаимодействует с док-доменом RNAP, а B-палец может влиять на взаимодействия промотора RNAP. TFBC содержит мотивы, которые взаимодействуют с TATA-связывающим белком (TBP), элементами распознавания TFB (BRE) перед TATA-боксом и последовательностями ДНК ниже TATA.[1] Его размер составляет примерно 180 аминокислот, который состоит из двух повторов последовательности из 90 аминокислот. С-концевой домен, в частности, может влиять на направление преинициативного комплекса.[3] Поскольку TFBN связывает RNAP, а TFBC связывает комплекс TBP-TATA, TBP связывает их.[7]

Механизм

TFB актируется другим фактором трансляции, TBP, после того, как он распознает TATA-бокс и сгибает ДНК, чтобы транскрипция могла инициироваться. TFB стабилизирует комплекс TBP-ДНК, так что белки могут актировать РНК-полимеразу и расплетать ДНК по еще неизвестному механизму. Это открытие ДНК не является энергетически зависимым процессом в архее; поскольку TFB, TBP и RNAP расположены более близко друг к другу, чем в эукариотах, плотность белков и их взаимодействие могут предоставить больше областей для контакта с ДНК, что приводит к открытому транскрипционному комплексу[6].

TFB использует ион цинка (Zn2 +) в качестве кофактора и принимает один ион на субъединицу.[10]

Примечания

  1. 1 2 3 4 5 Micorescu M, Grünberg S, Franke A, Cramer P, Thomm M, Bartlett M (January 2008). “Archaeal transcription: function of an alternative transcription factor B from Pyrococcus furiosus”. Journal of Bacteriology. 190 (1): 157—67. DOI:10.1128/JB.01498-07. PMC 2223750. PMID 17965161.
  2. ↑ Burton SP, Burton ZF (6 November 2014). “The σ enigma: bacterial σ factors, archaeal TFB and eukaryotic TFIIB are homologs”. Transcription. 5 (4): e967599. DOI:10.4161/21541264.2014.967599. PMC 4581349. PMID 25483602.
  3. 1 2 3 4 5 Soppa J (March 1999). “Transcription initiation in Archaea: facts, factors and future aspects”. Molecular Microbiology. 31 (5): 1295—305. DOI:10.1046/j.1365-2958.1999.01273.x. PMID 10200952.
  4. ↑ Kyrpides NC, Ouzounis CA (July 1999). “Transcription in archaea”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (15): 8545—50. DOI:10.1073/pnas.96.15.8545. PMID 10411912.
  5. ↑ Ouzounis C, Sander C (October 1992). “TFIIB, an evolutionary link between the transcription machineries of archaebacteria and eukaryotes”. Cell. 71 (2): 189—90. DOI:10.1016/0092-8674(92)90347-F. PMID 1423586.
  6. 1 2 Gehring AM, Walker JE, Santangelo TJ (July 2016). “Transcription Regulation in Archaea”. Journal of Bacteriology. 198 (14): 1906—1917. DOI:10.1128/JB.00255-16. PMID 27137495.
  7. 1 2 Renfrow MB, Naryshkin N, Lewis LM, Chen HT, Ebright RH, Scott RA (January 2004). “Transcription factor B contacts promoter DNA near the transcription start site of the archaeal transcription initiation complex”. The Journal of Biological Chemistry. 279 (4): 2825—31. DOI:10.1074/jbc.M311433200. PMID 14597623.
  8. ↑ Bell SD, Kosa PL, Sigler PB, Jackson SP (November 1999). “Orientation of the transcription preinitiation complex in archaea”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 96 (24): 13662—7. DOI:10.1073/pnas.96.24.13662. PMC 24121. PMID 10570129.
  9. ↑ Paytubi S, White MF (June 2009). “The crenarchaeal DNA damage-inducible transcription factor B paralogue TFB3 is a general activator of transcription”. Molecular Microbiology. 72 (6): 1487—99. DOI:10.1111/j.1365-2958.2009.06737.x. PMID 19460096.
  10. 1 2 tfb - Transcription initiation factor IIB - Pyrococcus woesei - tfb gene & protein. www.uniprot.org.

Данная страница на сайте WikiSort.ru содержит текст со страницы сайта "Википедия".

Если Вы хотите её отредактировать, то можете сделать это на странице редактирования в Википедии.

Если сделанные Вами правки не будут кем-нибудь удалены, то через несколько дней они появятся на сайте WikiSort.ru .



Текст в блоке "Читать" взят с сайта "Википедия" и доступен по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike; в отдельных случаях могут действовать дополнительные условия.

Другой контент может иметь иную лицензию. Перед использованием материалов сайта WikiSort.ru внимательно изучите правила лицензирования конкретных элементов наполнения сайта.

2019-2025
WikiSort.ru - проект по пересортировке и дополнению контента Википедии