WikiSort.ru - Не сортированное

ПОИСК ПО САЙТУ | о проекте
Дважды пересекающаяся структура из ДНК в геле.

Нанотехнологии на основе ДНК (англ. DNA nanotechnology) — разработка и производство искусственных структур из нуклеиновых кислот для технологического использования. В этой научной области нуклеиновые кислоты используются не как носители генетической информации в живых клетках, а в качестве материала для нужд небиологической инженерии наноматериалов.

В технологии используются строгие правила спаривания оснований нуклеиновых кислот, которые для формирования прочной жесткой структуры двойной спирали допускают только связывание вместе частей нитей с комплементарными последовательностями оснований. Исходя из этих правил, появляется возможность инженерного проектирования последовательности оснований, которая будет выборочной сборкой образовывать сложные целевые структуры с точно настроенными наноразмерными формами и свойствами. В основном, для создания материалов используется ДНК, однако были построены и структуры с включением других нуклеиновых кислот, таких как РНК и пептидо-нуклеиновые кислоты (ПНК), позволяя использовать для описания поля технологий название «нанотехнологии на основе нуклеотидных оснований»[1][2] .

Основная концепция нанотехнологий на основе ДНК была впервые предложена в начале 1980-х годов Надрианом Симэном, и в середине 2000-х годов это поле для исследований начало привлекать широкий интерес. Исследователи, работающие в новой появляющейся области технологий, создали статические структуры, такие как двух- и трёхмерные кристаллические решётки, нанотрубки, многогранники и другие произвольные формы, а также — функциональные структуры, такие как молекулярные машины и ДНК-компьютеры.

Для сборки этих структур используется множество методов, включая плиточное структурирование, где плитки собираются из более мелких структур, складывающиеся структуры, создаваемые с помощью метода ДНК-оригами, и динамически перестраиваемые структуры, создаваемые с использованием методов перемещения пряди. Исследовательское поле начинает использоваться в качестве инструмента для решения проблем фундаментальной науки в областях структурной биологии и биофизики, включая прикладные задачи кристаллографии и спектроскопии для определения структуры белка. Также ведутся изыскания для потенциального применения в масштабируемой молекулярной электронике и наномедицине.

Основные понятия

Свойства нуклеиновых кислот

Эта четрёхнаправленная связь в ДНК-перекрёстке, которая даёт наибольшее количество правильных спаренных оснований, в которых A подходит к T и C подходит к G[3][4]
Дважды пересекающаяся сверхмолекулярная конструкция, состоящая из пяти одиночных нитей ДНК, которые образуют две двойно-спиральных области, сверху и снизу этого изображения. Представлены две точки пересечения, где ветви пересекаются и образуют пересечение областей[3]

Под нанотехнологиями часто подразумевают изучение материалов и устройств, размеры составляющих которых меньше 100 нм. Нанотехнологии на основе ДНК, в частности, являются примером восходящей самосборки молекул, в которых молекулярные компоненты спонтанно организуются в устойчивые структуры; конкретный вид этих структур определяется физическими и химическими свойствами составляющих, выбранных конструкторами[5]. В нанотехнологиях на основе ДНК материалом составляющих являются нити нуклеиновых кислот, таких как ДНК, которые хорошо подходят для строительства наноразмерных объектов, поскольку двойная спираль из нуклеиновых кислот имеет диаметр 2 нм и длину одного участка оборота на 360° — 3,5 нм.

Ключевой особенностью, которая делает нуклеиновые кислоты более удобными для построения структур, отличающая их от других материалов, является то, что крепление между двумя нуклеиновыми кислотами зависит от простых и хорошо изученных правил спаренных оснований, при этом оно образует чётко определенную структуру, что в совокупности позволяет легко сборкой структур из нуклеиновых кислот через проектирование нуклеиновых кислот. Это особенность отсутствует в других нанотехнологичных материалах, в том числе — белках, проектирование которых очень затруднительно, а также — наночастицах, которые не имеют возможностей для управляемой самосборки[6].

Структура молекулы нуклеиновой кислоты состоит из последовательности нуклеотидов, которые различаются по содержащимся в них азотистым основаниям. В ДНК представлены четыре основания: аденин (А), цитозин (C), гуанин (G) и тимин (Т). Нуклеиновые кислоты обладают тем свойством, что молекулы, в процессе образования двойной спирали, связываются друг с другом только если две последовательности азотистых оснований комплементарны. То есть это значит, что они образуют подходящие последовательности пар оснований, в которых А прикрепляется только к T, а С прикрепляется только к G[6][7]. Поскольку формирование правильно подобранных пар оснований является энергетически выгодным, ожидается, что нуклеиновые кислоты в большинстве случаев связываются друг с другом в конформации, которая максимизирует количество правильно спаренных оснований. Таким образом, последовательности оснований в системе нитей позволяют определять образец связки и общую структуру объекта легко контролируемым путём. В нанотехнологиях на основе ДНК, последовательности оснований нитей определяются исследователями так, что взаимодействия спаривания заставляют нити собирать заданные конформации[4][6].

Подполя исследований

Нанотехнологии на основе ДНК иногда делят на два пересекающихся подполя: структурные нанотехнологии на основе ДНК и переменчивые нанотехнологии на основе ДНК. В структурных нанотехнологиях на основе ДНК (иногда — сокращённо СНнД (англ. SDN) основное внимание уделяется синтезу и характеристике нуклеиновых материалов и комплексов, которые собираются в конечные равновесные состояния. В то же время, переменчивые нанотехнологии на основе ДНК сосредоточены на комплексах с полезным неравновесным поведением, чьи состояния можно поменять путём химического или физического стимула. Некоторые наноразмерные комплексы, такие как нуклеиновые кислоты наномеханических устройств, сочетают в себе черты обоих (структурного и переменчивого) подполей[8][9].

Конструкции, построенные в рамках нанотехнологий на основе ДНК используют топологически разветвленные структуры нуклеиновых кислот, содержащие соединения. (В отличие от большинства биологических ДНК, существующих в виде неразветвленной двойной спирали). Одной из простейших разветвленных сборок является четырёхнаправленный узел, который состоит из четырёх отдельных нитей ДНК, части которых комплементарны по определенной схеме. В отличие от естественной структуры Холидея, каждое направление в неподвижном искусственном узле имеет отличную от других последовательность оснований, в результате чего точки соединения оказываются в строго определённом месте. В одной сборке могут быть объединены множественные переходы, например, в широко используемое двойное пересечение (ДП (англ. DX)), которое содержит две параллельных области двойных спиралей со взаимным пересечением прядей областей в двух различных точках. Каждая точка пересечения топологически сама является четырёхнаправленным узлом, при этом ограничена в одной ориентации. Так что в отличие от гибкого одиночного четырёхнаправленного узла, двойное пересечение обеспечивает жёсткость, что делает его подходящим строительным блоком для увеличения сборок ДНК[6][4].

Переменчивые нанотехнологии на основе ДНК для того, чтобы обеспечить возможность перестроить сборку нуклеиновых кислот (в ответ на добавление новой нуклеиновой кислоты), используют механизм, называемый «опороопосредованное смещение нитей» (англ. toehold-mediated strand displacement). В этой реакции входящая нить связывается с одноцепочечной опорной областью двухцепочечной сборки, а затем — вытесняет одну из связанных оригинальной сборки при помощи процесса «миграции ветви». Как результат, одна из ветвей сборки заменяется другой[8]. Кроме того, перестраиваемые сборки и устройства можно создавать, используя функциональные нуклеиновые кислоты, такие как дезоксирибозимы и рибозимы, которые способны производить химические реакции и аптамеры, которые могут связываться со специфическими белками или небольшими молекулами[10].

Галерея

Слева: модель плитки из ДНК, используемая для создания другой двумерной периодической решётки. Справа: атомарная усиливающая микрофотография собранной решётки[11][12].
Пример апериодической двумерной решетки, которая собирается во фрактальный узор. Слева: фрактальный Треугольник Серпинского. Справа: массивы из ДНК, которые представляют отображение Треугольника Серпинского на своих поверхностях[13].

Примечания

  1. RNA nanotechnology: Chworos, Arkadiusz; Severcan, Isil; Koyfman, Alexey Y.; Weinkam, Patrick; Oroudjev, Emin; Hansma, Helen G.; Jaeger, Luc (2004). “Building Programmable Jigsaw Puzzles with RNA”. Science. 306 (5704): 2068—2072. Bibcode:2004Sci...306.2068C. DOI:10.1126/science.1104686. PMID 15604402.
  2. RNA nanotechnology: Guo, Peixuan (2010). “The Emerging Field of RNA Nanotechnology”. Nature Nanotechnology. 5 (12): 833—842. Bibcode:2010NatNa...5..833G. DOI:10.1038/nnano.2010.231. PMC 3149862. PMID 21102465.
  3. 1 2 Overview: Mao, Chengde (December 2004). “The emergence of complexity: lessons from DNA”. PLoS Biology. 2 (12): 2036—2038. DOI:10.1371/journal.pbio.0020431. PMC 535573. PMID 15597116. Используется устаревший параметр |month= (справка)
  4. 1 2 3 Overview: Seeman, Nadrian C. (June 2004). “Nanotechnology and the double helix”. Scientific American. 290 (6): 64—75. DOI:10.1038/scientificamerican0604-64. PMID 15195395. Используется устаревший параметр |month= (справка)
  5. Background: Pelesko, John A. Self-assembly: the science of things that put themselves together. — New York : Chapman & Hall/CRC, 2007. — P. 5, 7. ISBN 978-1-58488-687-7.
  6. 1 2 3 4 Seeman, Nadrian C. (2010). “Nanomaterials based on DNA”. Annual Review of Biochemistry. 79: 65—87. DOI:10.1146/annurev-biochem-060308-102244. PMID 20222824.
  7. Background: Long, Eric C. Fundamentals of nucleic acids // Bioorganic chemistry: nucleic acids. — New York : Oxford University Press, 1996. — P. 4–10. ISBN 0-19-508467-5.
  8. 1 2 Dynamic DNA nanotechnology: Zhang David Yu, Seelig Georg. Dynamic DNA nanotechnology using strand-displacement reactions // Nature Chemistry. — 2011. — Февраль (т. 3, № 2). С. 103—113. ISSN 1755-4330. DOI:10.1038/nchem.957. [исправить]
  9. Structural DNA nanotechnology: Seeman, Nadrian C. (November 2007). “An overview of structural DNA nanotechnology”. Molecular Biotechnology. 37 (3): 246—257. DOI:10.1007/s12033-007-0059-4. PMID 17952671. Используется устаревший параметр |month= (справка)
  10. Dynamic DNA nanotechnology: Lu Yi, Liu Juewen. Functional DNA nanotechnology: emerging applications of DNAzymes and aptamers // Current Opinion in Biotechnology. — 2006. — Декабрь (т. 17, № 6). С. 580—588. ISSN 0958-1669. DOI:10.1016/j.copbio.2006.10.004. [исправить]
  11. Other arrays: Strong, Michael (March 2004). “Protein Nanomachines”. PLoS Biology. 2 (3): e73. DOI:10.1371/journal.pbio.0020073. PMC 368168. PMID 15024422. Используется устаревший параметр |month= (справка)
  12. Yan H. DNA-Templated Self-Assembly of Protein Arrays and Highly Conductive Nanowires // Science. — 2003. — 26 сентября (т. 301, № 5641). С. 1882—1884. ISSN 0036-8075. DOI:10.1126/science.1089389. [исправить]
  13. Algorithmic self-assembly: Rothemund, Paul W. K.; Papadakis, Nick; Winfree, Erik (December 2004). “Algorithmic self-assembly of DNA Sierpinski triangles”. PLoS Biology. 2 (12): 2041—2053. DOI:10.1371/journal.pbio.0020424. PMC 534809. PMID 15583715. Используется устаревший параметр |month= (справка)

Данная страница на сайте WikiSort.ru содержит текст со страницы сайта "Википедия".

Если Вы хотите её отредактировать, то можете сделать это на странице редактирования в Википедии.

Если сделанные Вами правки не будут кем-нибудь удалены, то через несколько дней они появятся на сайте WikiSort.ru .




Текст в блоке "Читать" взят с сайта "Википедия" и доступен по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike; в отдельных случаях могут действовать дополнительные условия.

Другой контент может иметь иную лицензию. Перед использованием материалов сайта WikiSort.ru внимательно изучите правила лицензирования конкретных элементов наполнения сайта.

2019-2024
WikiSort.ru - проект по пересортировке и дополнению контента Википедии