WikiSort.ru - Не сортированное

ПОИСК ПО САЙТУ | о проекте

Метод фиксации конформации хромосом^[1] (англ. chromosome conformation capture, 3C) — метод анализа трёхмерной структуры хромосом в ядре клетки.

Изучение пространственной структуры хромосом имеет важное значение для понимания механизмов регуляции экспрессии генов, репликации и репарации ДНК, рекомбинации. Регуляторные элементы могут располагаться на расстоянии нескольких млн пар оснований от генов, которые они контролируют^[2], однако регуляция может осуществляться с помощью физического взаимодействия, если участок хромосомы между регуляторным элементом и геном образует петлю. Примером может служить локус бета-глобина у мыши, который включает в себя 4 гена и локус-контролирующую область (ЛКО), содержащую 6 гиперчувствительных к ДНКазе I участков и несколько сайтов связывания факторов транскрипции. Несмотря на то, что ЛКО располагается на расстоянии нескольких десятков килобаз от генов, сложная конформация участка ДНК между ними позволяет им непосредственно взаимодействовать друг с другом, благодаря чему контролируется экспрессия генов^[3].

Метод фиксации конформации хромосом

Метод фиксации конформации хромосом (англ. chromosome conformation capture}, 3C) можно разбить на 5 этапов:

Клетки обрабатывают формальдегидом, что приводит к закреплению белок-белковых, белок-ДНК и белок-РНК взаимодействий, в результате чего взаимодействующие сегменты ДНК сшиваются белками.
Фрагментация сшитых ДНК с помощью рестриктаз.
Лигирование. В результате «склеиваются» концы сшитых ДНК. Эту стадию нужно проводить при низких концентрациях ДНК, чтобы лигировались концы сшитых фрагментов ДНК, а не случайных.
Повышение температуры ведет к разрыву поперечных связей и образованию линейных химерных фрагментов ДНК. В результате будет создана библиотека попарно взаимодействующих фрагментов ДНК (3C библиотека).
Далее применяют метод количественной ПЦР, который позволит оценить вероятность взаимодействия двух конкретных участков генома. Если взять два праймера, которые им гомологичны, то наличие продуктов амплификации докажет, что данные участки генома находились в ядре клетки близко друг к другу.

Метод замкнутой фиксации конформации хромосом

Метод замкнутой фиксации конформации хромосом (англ. circularized chromosome conformation capture, 4С)^[4]^[5] используется для того, чтобы найти участок генома, который взаимодействует с данной последовательностью ДНК. Он представляет собой объединение метода фиксации конформации хромосом и метода инвертированной ПЦР.

Первые 4 этапа совпадают с этапами метода фиксации конформации хромосом.

Этап 5а: Фрагментация химерных ДНК с помощью рестриктаз.
Этап 5б: Лигирование. В результате будет создана библиотека кольцевых химерных ДНК (4C библиотека).
Этап 5в: Далее применяется метод инвертированной ПЦР. Анализ 4С библиотеки проводится с использованием ДНК-микрочипов.

Метод фиксации конформации хромосом «под копирку»

Метод фиксации конформации хромосом «под копирку» (англ. carbon-copy chromosome conformation capture, 5С)^[6] позволяет искать участки ДНК, которые взаимодействуют с несколькими выбранными участками генома. Он представляет собой объединение метода фиксации конформации хромосом и метода мультиплексной ПЦР.

Первые 4 этапа совпадают с этапами метода фиксации конформации хромосом.

Этап 5а: Лигирование адаптерных последовательностей с использованием Taq-лигазы.
Этап 5б: Применяется метод мультиплексной ПЦР, анализ 5С библиотеки проводится с использованием ДНК-микрочипов и секвенирования.

Методы ChiP-loop и ChiA-PET

Методы ChiP-loop^[7] и ChIA-PET позволяют выделить участки генома, которые взаимодействуют с помощью специфических белков, например, транскрипционных факторов или белков инсуляторов. Они основаны на принципах иммунопреципитации и лигирования сближенных в пространстве молекул ДНК.

См. также

Примечания

↑ Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N (2002). “Capturing chromosome conformation”. Science. 295 (5558): 1306—1311. DOI:10.1126/science.1067799. PMID 11847345.
↑ Dekker J (2006). “The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls”. Nat Methods. 3 (1): 17–21. DOI:10.1038/nmeth823. PMID 16369547.
↑ Dekker J (2003). “A closer look at long-range chromosomal interactions”. Trends Biochem Sci. 28 (6): 277–80. DOI:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. PMID 12826398.
↑ Zhao Z, Tavoosidana G, Sjölinder M, Göndör A, Mariano P, Wang S, Kanduri C, Lezcano M, Sandhu KS, Singh U, Pant V, Tiwari V, Kurukuti S, Ohlsson R (2006). “Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions”. Nat. Genet. 38 (11): 1341—1347. DOI:10.1038/ng1891. PMID 17033624.
↑ Simonis M, Klous P, Splinter E, Moshkin Y, Willemsen R, de Wit E, van Steensel B, de Laat W (2006). “Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C)”. Nat. Genet. 38 (11): 1348—1354. DOI:10.1038/ng1896. PMID 17033623.
↑ Dostie J, Dekker J (2007). “Mapping networks of physical interactions between genomic elements using 5C technology”. Nat. Protoc. 2 (4): 988—1002. DOI:10.1038/nprot.2007.116. PMID 17446898.
↑ Horike S, Cai S, Miyano M, Cheng JF, Kohwi-Shigematsu T (2005). “Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome”. Nat Genet. 37 (1): 31–40. DOI:10.1038/ng1491. PMID 15608638.

Данная страница на сайте WikiSort.ru содержит текст со страницы сайта "Википедия".

Если Вы хотите её отредактировать, то можете сделать это на странице редактирования в Википедии.

Если сделанные Вами правки не будут кем-нибудь удалены, то через несколько дней они появятся на сайте WikiSort.ru .

Текст в блоке "Читать" взят с сайта "Википедия" и доступен по лицензии Creative Commons Attribution-ShareAlike; в отдельных случаях могут действовать дополнительные условия.

Другой контент может иметь иную лицензию. Перед использованием материалов сайта WikiSort.ru внимательно изучите правила лицензирования конкретных элементов наполнения сайта.

2019-2025
WikiSort.ru - проект по пересортировке и дополнению контента Википедии

[1] Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N (2002). “Capturing chromosome conformation”. Science. 295 (5558): 1306—1311. DOI:10.1126/science.1067799. PMID 11847345.

[2] Dekker J (2006). “The three 'C' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls”. Nat Methods. 3 (1): 17–21. DOI:10.1038/nmeth823. PMID 16369547.

[3] Dekker J (2003). “A closer look at long-range chromosomal interactions”. Trends Biochem Sci. 28 (6): 277–80. DOI:10.1016/S0968-0004(03)00089-6. PMID 12826398.

[4] Zhao Z, Tavoosidana G, Sjölinder M, Göndör A, Mariano P, Wang S, Kanduri C, Lezcano M, Sandhu KS, Singh U, Pant V, Tiwari V, Kurukuti S, Ohlsson R (2006). “Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions”. Nat. Genet. 38 (11): 1341—1347. DOI:10.1038/ng1891. PMID 17033624.

[5] Simonis M, Klous P, Splinter E, Moshkin Y, Willemsen R, de Wit E, van Steensel B, de Laat W (2006). “Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C)”. Nat. Genet. 38 (11): 1348—1354. DOI:10.1038/ng1896. PMID 17033623.

[6] Dostie J, Dekker J (2007). “Mapping networks of physical interactions between genomic elements using 5C technology”. Nat. Protoc. 2 (4): 988—1002. DOI:10.1038/nprot.2007.116. PMID 17446898.

[7] Horike S, Cai S, Miyano M, Cheng JF, Kohwi-Shigematsu T (2005). “Loss of silent-chromatin looping and impaired imprinting of DLX5 in Rett syndrome”. Nat Genet. 37 (1): 31–40. DOI:10.1038/ng1491. PMID 15608638.