WikiSort.ru - Не сортированное

Вычисление смещений в нуклеотидном составе

GC-состав является частным случаем отклонений^{[прояснить]} (англ. skew) в нуклеотидной последовательности тех или иных нуклеотидных оснований или групп оснований.

Например, отклонение по отношению пуринов (суммы всех гуанинов и аденинов) к длине цепи ДНК или РНК в нуклеотидах (доля G+A или доля GA) можно вычислить в процентном отношении ^[5]:

${\displaystyle GA\%={\cfrac {G+A}{L}}\times \ 100}$

где ${\displaystyle G+A}$  — суммарное количество гуанинов и аденинов, а ${\displaystyle L}$  — длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах: ${\displaystyle L=A+T+G+C}$ .

${\displaystyle G+A}$ можно также представить в виде вырожденного кода как ${\displaystyle R}$ , тогда

${\displaystyle GA\%={\cfrac {R}{L}}\times \ 100}$

Аналогично, для пиримидинов (цитозина и тимина):

${\displaystyle CT\%={\cfrac {C+T}{L}}\times \ 100={\cfrac {Y}{L}}\times \ 100}$

где ${\displaystyle C+T}$ есть сумма всех цитозинов и тиминов, тогда как ${\displaystyle L}$ есть длина цепи ДНК или РНК в нуклеотидах.

• Отклонение по отношению суммы всех гуанинов к сумме всех цитозинов или наоборот (сдвиг по отношению суммы всех цитозинов к сумме всех гуанинов):

  ${\displaystyle GCskew={\cfrac {G-C}{G+C}}}$

  Данная величина — GC skew — может быть положительной (если количество гуанина выше количества цитозина), отрицательной (в противном случае) или равна 0 (когда количество гуанина и цитозина одинаково).

• Аналогично можно вычислить отклонение по отношению суммы всех аденинов к тиминам или наоборот (суммы всех тиминов к аденинам):

  ${\displaystyle ATskew={\cfrac {A-T}{A+T}}}$

  Данная величина — AT skew — будет положительным, если количество аденина выше количества тимина, отрицательным в противном случае, или равна 0, когда суммы аденинов A и тимина T равны.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех гуанинов и всех цитозинов, по отношению к сумме всех аденинов и тиминам или наоборот (аденинов и тиминов по отношению к сумме всех гуанинов и цитозинов):

  ${\displaystyle SWskew={\cfrac {S-W}{L}}}$

  где ${\displaystyle S}$ есть сумма всех всех гуанинов и цитозинов, тогда как ${\displaystyle W}$ есть сумма всех аденинов и тиминов.

• Вычисление общего отклонения всех пуринов к пиримидинам или наоборот (всех пиримидинов ко всем пуринам), в цепи ДНК:

  ${\displaystyle RYskew={\cfrac {R-Y}{L}}}$

  где ${\displaystyle R}$ есть сумма всех всех гуанинов и аденинов, тогда как ${\displaystyle Y}$ есть сумма всех цитозинов и тиминов.

• Вычислить отклонение по отношению суммы всех цитозинов и всех аденинов, по отношению к сумме всех гуанинов и тиминов или наоборот (гуанинов и тиминов по отношению к сумме всех цитозинов и аденинов):

  ${\displaystyle MKskew={\cfrac {M-K}{L}}}$

  где ${\displaystyle M}$ есть сумма всех всех цитозинов и аденинов, тогда как ${\displaystyle K}$ есть сумма всех гуанинов и тиминов.