| Серин-С-пальмитоилтрансфераза | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Шифр КФ | 2.3.1.50 |
| Номер CAS | 62213-50-7 |
| Базы ферментов | |
| IntEnz | IntEnz view |
| BRENDA | BRENDA entry |
| ExPASy | NiceZyme view |
| MetaCyc | metabolic pathway |
| KEGG | KEGG entry |
| PRIAM | profile |
| PDB structures | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum |
| Gene Ontology | AmiGO • EGO |
| Поиск | |
| PMC | статьи |
| PubMed | статьи |
| NCBI | NCBI proteins |
| CAS | 62213-50-7 |
Серин-С-пальмитоилтрансфераза, также серин-пальмитоилтрансфераза, 3-оксосфинганин синтаза (serine C-palmitoyltransferase, сокр. SPT, КФ 2.3.1.50) — фермент из семейства ацилтрансфераз (тип трансфераз), катализирующий реакцию переноса ацильной группы на молекулу субстрата — серина, по уравнению[1][2]:
- пальмитоил-CoA + серин CoA-SH + 3-дегидро-D-сфинганин + CO2.
В реакции участвуют два субстрата серин и пальмитоил-CoA, продуктами реакции являются кофермент А, 3-дегидро-D-сфинганин и углекислый газ[3][4]. Реакция является ключевой ступенью в биосинтезе сфингозина, который является предшественником многих сфинголипидов. В качестве кофактора фермент использует пиридоксальфосфат (PLP).
Структура
Серин C-пальмитоилтрансфераза является членом семейства AOS (a-оксоаминсинтазы) PLP-зависимых ферментов, которые катализируют конденсацию аминокислот и ацил-CoA-тиоэфирных субстратов[5]. Человеческий фермент представляет собой гетеродимер, состоящий из двух мономерных субъединиц, известных как длинная цепь 1 и 2 (LCB1/2), кодируемых отдельными генами. Активный сайт LCB2 содержит лизин и другие ключевые каталитические аминокислотные остатки, которые отсутствуют в LCB1, ине участвует в катализе, но тем не менее необходимы для синтеза и стабильности фермента[6].
По состоянию на конец 2007 года были изучены две структуры для этого класса ферментов, с кодами доступа PDB 2JG2 и 2JGT[7].
Механизм
PLP (пиридоксаль-5'-фосфат)-зависимая серин-C-пальмитоилтрансфераза выполняет первую ферментативную стадию биосинтеза de novo сфинголипидов. Фермент катализирует кляйзен-подобную конденсацию между L-серином и субстратом ацил-CoA-тиоэфиром (CoASH) (как правило, ацил — C16-пальмитоил) или ацил-ACP (ацил-ацилпереносящий белок) тиоэфирным субстратом с образованием 3-кетодигидрофингозина. Первоначально кофактор PLP связывается с лизином активного сайта посредстом основания Шиффа, чтобы образовать голо-форму или внутренний альдимин фермента. Затем аминогруппа L-серина атакует и вытесняет лизин, связанный с PLP, образуя внешнее альдиминовое промежуточное соединение. Затем происходит депротонирование на α-С-атоме серина, образуя хиноноидное промежуточное соединение, которое атакует входящий тиоэфирный субстрат. После декарбоксилирования и атаки лизина, продукт реакции 3-кетодигидрофингозин высвобождается и каталитически активный PLP реформируется. Эта реакция конденсации образует основание сфингоидов или основание с длинной цепью, обнаруженное во всех последующих промежуточных сфинголипидах и сложных сфинголипидах в организме[2].
Примечания
- ↑ Ikushiro H, Hayashi H, Kagamiyama H (April 2003). “Bacterial serine palmitoyltransferase: a water-soluble homodimeric prototype of the eukaryotic enzyme”. Biochimica et Biophysica Acta. 1647 (1–2): 116—20. DOI:10.1016/S1570-9639(03)00074-8. PMID 12686119.
- 1 2 Hanada K (June 2003). “Serine palmitoyltransferase, a key enzyme of sphingolipid metabolism”. Biochimica et Biophysica Acta. 1632 (1–3): 16—30. DOI:10.1016/S1388-1981(03)00059-3. PMID 12782147.
- ↑ Brady RN, Di Mari SJ, Snell EE (January 1969). “Biosynthesis of sphingolipid bases. 3. Isolation and characterization of ketonic intermediates in the synthesis of sphingosine and dihydrosphingosine by cell-free extracts of Hansenula ciferri”. J. Biol. Chem. 244 (2): 491—6. PMID 4388074.
- ↑ Stoffel W, LeKim D, Sticht G (May 1968). “Biosynthesis of dihydrosphingosine in vitro”. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 349 (5): 664—70. DOI:10.1515/bchm2.1968.349.1.664. PMID 4386961.
- ↑ Eliot AC, Kirsch JF (2004). “Pyridoxal phosphate enzymes: mechanistic, structural, and evolutionary considerations”. Annual Review of Biochemistry. 73: 383—415. DOI:10.1146/annurev.biochem.73.011303.074021. PMID 15189147.
- ↑ Han G, Gable K, Yan L, Natarajan M, Krishnamurthy J, Gupta SD, Borovitskaya A, Harmon JM, Dunn TM (December 2004). “The topology of the Lcb1p subunit of yeast serine palmitoyltransferase”. The Journal of Biological Chemistry. 279 (51): 53707—16. DOI:10.1074/jbc.M410014200. PMID 15485854.
- ↑ Yard BA, Carter LG, Johnson KA, Overton IM, Dorward M, Liu H, McMahon SA, Oke M, Puech D, Barton GJ, Naismith JH, Campopiano DJ (July 2007). “The structure of serine palmitoyltransferase; gateway to sphingolipid biosynthesis”. Journal of Molecular Biology. 370 (5): 870—86. DOI:10.1016/j.jmb.2007.04.086. PMID 17559874.
Данная страница на сайте WikiSort.ru содержит текст со страницы сайта "Википедия".
Если Вы хотите её отредактировать, то можете сделать это на странице редактирования в Википедии.
Если сделанные Вами правки не будут кем-нибудь удалены, то через несколько дней они появятся на сайте WikiSort.ru .